食品安全的影響因素有很多,基本可以分為以下幾類:
1.化學性因素
造成食品污染的原因多種多樣，如生存環境的污染，農、獸藥殘留的影響，食品生產過程中添加劑的超標使用,以及運輸過程中的交叉污染等.工業生產過程和農業生產排放到環境中的有毒化學物質也有可能進入人類的食物鏈.因化學加工、人為添加及環境污染所導入食品中的有毒化合物,容易被認識和預防;而許多以食品的天然組分形式存在的天然毒素,由于毒性巨大,且與食品混為一體,不容易被認識和確定,從而對健康威脅更大.它們分為內因毒素和外因毒素,那些由食品原料自身產生并帶進最終食品中的為天然內因毒素;由食品原料以外其它天然方式產生的且污染食品的或被食品蓄積的為天然外因毒素.在適當的溫度、濕度下,生長在食物上的黃曲霉等霉菌所產生的黃曲霉毒素是一組結構相關的劇毒化合物,即黃曲霉毒素B1、B2、G1、G2,一般情況下毒性最大的B1含量也最大。
易感的食品是堅果、花生、玉米和棉花等的種子,B1在動物體內代謝后轉化成仍有毒的M1,在個別乳牛的奶和尿中可發現M1,所以食用含AFT飼料的動物乳及某些器官對人類也是有害的.AFT對動物（可類推到人類）的大劑量急性中毒是出血、胃腸失調和包括急性肝壞疽、肝硬化和肝癌在內的肝損傷,甚至死亡．目前還沒有發現任何動物對AFT的急性毒性有抵抗作用,但動物對AFT的急、慢性毒性的易感性因動物種類不同而有差別.AFT是非常強的致癌化合物,這種慢性毒性與環境因素相關,即與暴露量級、暴露周期和攝取者年歲、健康情況、營養狀況有關.研究表明,AFT在體內需要代謝活化才能發揮致癌效應,但此效應能被體內氧化酶所阻止和活化.有關AFT對人類的最低易感性還沒有確定,也就是說AFT在人體的量級與癌癥的具體關系還沒有確定．
2.生物性因素
世界衛生組織的調查表明,由致病微生物和其它有毒、有害因素引起的食物中毒和其他食源性疾病發病率在發達國家超過30%。沙門氏菌病、霍亂、腸出血性大腸桿菌感染、甲型肝炎和其他疾病在發達國家和發展中國家均有暴發流行，并且危害嚴重.此外,許多重新出現或新發現的病原體是食源性的或有著經食品或飲用水傳播的潛能.由于生產方法、加工方法、實踐和習慣的改變,可以預見會有更多的食源性病原體出現.預計21世紀初期食源性疾病會增多,這尤其是在發展中國家,其中的部分原因是環境和人口統計學的變化.這些變化包括從氣候變化、微生物和其他生態系統的變化到新鮮飲用水供應減少不等.然而,對食品安全的更大挑戰來自直接引起環境衛生和直接的人類環境惡化的那些變化.這些變化包括人口老齡化、無計劃的都市化和人口遷移、因人口增長而大量生產的食品以及飲食習慣改變.大量的觀光旅游以及大量的國際食品飼料貿易正在引起食源性病原體跨國擴散.隨著新的有毒物質的鑒定和新的毒性作用被認識,食品中的有毒化學物質的健康和貿易后果也會產生全球性影響．
3.轉基因食品及放射性污染
目前,放射性物質對食品污染導致對人體健康的危害.放射性物質不僅對直接受污染的食品造成危害,而且會沿著食物鏈繼續產生影響,最終對人體造成損害.因此,食品的放射性污染必須作為重要危害的因素進行控制.此外，隨著輻照保藏技術在延長食品保存期中的應用,放射劑量和殘留等問題也應該作為重要的控制因素.
隨著生物工程技術在農業、畜牧業的廣泛應用,轉基因食品也逐漸成為人們關注的問題.有關轉基因食品對人體健康造成損害的報道指出轉基因食品可能會引起未知的中毒和過敏,有些甚至是致命的,有報道稱已有37人死亡和1500多人出現暫時的癱瘓的綜合病癥最終源自于一種通過轉基因方法轉架入食品的L-色氨酸.雖然這類事件沒有得到廣泛證實,但是世界各國對轉基因食品大都抱有懷疑態度,并要求所有含有轉基因成分的食品必須進行明確標識,以保證消費者的正當權益.2000年耶魯大學科學家格哈德.雅萊斯等研究人員發現,用轉基因玉米制成飼料喂養雞群,結果雞肉里存在玉米的變異基因片段.進一步研究認為,基因可能通過食物鏈在不同物種之間轉移.澳大利亞90%的人表示支持強制性地為這種食品貼上標簽,英國、法國、菲律賓等數十個國家的公民也持相似態度.在國際貿易中,美國出口大豆中有50%是基因改良品種,我國大豆大量進口,主要來自美國.因此,對轉基因食品安全性問題不容回避.迄今為止,國內外都尚未肯定轉基因食品食用安全性,轉基因生物在遺傳及技術學上的不穩定性帶來的潛在危害不可忽視.至此,應該進一步展開相關的科學研究工作,以更多的事實來證明轉基因食品可能對人體造成的影響．
